V ľudskom tele sa mangán nachádza v stopovom množstve (v rozmedzí 10 až 20mg u dospelého človeka). Koncentruje sa v kostiach, chrupavkách, nervovom systéme, pečeni, pankrease a vo vlasoch. Jeho obsah sa zvykne stanovovať z vlasov alebo z krvi. Ako to však býva so stanovením hladiny minerálnych látok v organizme, krvné testy žiaľ neposkytujú spoľahlivý obraz. Viac mangánu sa totiž nachádza v červených krvinkách ako v plazme.
Odporúčaná denná dávka je 2 mg. Maximálna tolerovaná denná dávka je 11 mg. Z tela sa vylučuje žlčou.
Mangán sa nachádza najmä v rastlinnej strave, v orechoch, semenách, klíčkoch, celozrnných obilninách a v sóji. Podobne ako železo alebo meď je na jednej strane potrebný pre ľudský organizmus, no na druhej strane jeho zvýšená prítomnosť je toxická. Ohrození sú jednak pracovníci v oceliarňach a priemysle, ktorí dýchajú mangán z prachu, a tiež ľudia s poruchami pečene, keďže mangán sa rýchlo vylučuje pečeňou do žlče. Vstrebáva sa pomaly a obtiažne, rýchlo sa však vylučuje, čím sa organizmus chráni pred jeho toxickými účinkami.
Mangán a železo majú kompetitívny vzťah, čo môže znamenať, že anemickí ľudia sú viac ohrození intoxikáciou mangánom. Otrava sa môže vyskytovať aj v miestach s vysokým obsahom mangánu vo vode. Intoxikácia sa prejavuje v prvom rade nervovými a neuromuskulárnymi symptómami ako problémy s motorikou, tremor, svalová stuhnutosť, svalová slabosť, extrémna podráždenosť, agresivita, halucinácie, hyperaktívne správanie, impulzívne správanie, duševná choroba, demencia, tzv. „mangánové šialenstvo“, problémy s prehĺtaním a dýchaním a symptómy podobné parkinsonizmu.
Mangán je dôležitý pre duševné zdravie. Manganum v systéme bunkových solí môže pomôcť pri obraze podobnom otrave a pri neurologických symptómoch ako podráždenosť, ďalej pri symptómoch podobných parkinsonizmu, pri epilepsii a myastenii gravis (autoimunitné ochorenie prejavujúce sa svalovou slabosťou, problémami s prehĺtaním a dýchaním). Hladina mangánu ovplyvňuje tvorbu neuromediátora dopamínu.
Nedostatok mangánu je zriedkavý. Najčastejšie u epileptikov, diabetikov, pacientov s osteoporózou alebo s pomalým hojením zlomenín. Mangán je dôležitý pre tvorbu a regeneráciu chrupaviek (chondroitín sulfátu, polysacharidu chrupaviek). Nedostatok má za následok abnormality kostí a kĺbov. Deficit mangánu je závažnejší v tehotenstve, pretože má teratogénny efekt na plod.
Mangán je esenciálny pre metabolizmus glukózy a tvorbu energie. U diabetikov bývajú hladiny mangánu znížené. Jeho deficit sa prejavuje ako metabolické zmeny: nedostatočná tvorba energie, glukózová intolerancia, diabetes, znížený HDL-cholesterol (dobrý cholesterol).
Mangán je súčasťou antioxidantu Mn-superoxidu dismutázy, enzýmu, ktorého prítomnosť je závislá od príjmu mangánu do organizmu a ktorý chráni bunkové membrány pred oxidačným stresom. Pôsobí proti zápalu pri reumatoidnej artritíde a môže pomôcť aj pri ďalších chronických zápalových degeneratívnych alebo autoimunitných ochoreniach (napríklad lupus erythematosus alebo psoriáza).
